El Colegio Bautista fue fundado en el año 1924, bajo el auspicio de American Home Mission Society, en la sede de la Primera Iglesia Bautista en San Salvador. Su primera directora fue la maestra norteamericana Vivian Saylor. Se inició con 45 alumnos de Primaria. Desde entonces, ha servido en forma ininterrumpida, al pueblo salvadoreño. Sus edificaciones fueron inauguradas en 1932, en el Barrio San Jacinto, lugar donde aún permanece, funcionando Plan Básico desde 1966, Bachillerato desde 1968 y Maternal desde el 2008.

La institución recuerda con mucha gratitud a cada persona que dejó sus esfuerzos y tiempo en el Colegio durante esta larga trayectoria, especialmente a sus directores: Srita Evalena McCutcheon de 1926 a 1960; Reverendo Roberto Fisher fundador de la Sección Secundaria, de 1961 a 1972; Profesora Rosa Navarrete de Alas, cofundadora de Secundaria y Directora de Primaria de 1966 a 1979; Profesor Roberto Hernández Rojas, Director de Secundaria de 1968 a 1977; Profesora Eva de Mendoza, Directora de Secundaria en 1978; Licenciada Sara Méndez Gómez, Directora General de 1979 a 1995; Licenciado José René Alvarado, Director General de 1996 a 1997; Maestra Lilian Guatemala García, Directora General de 1999 hasta Febrero 2019.

Durante casi un siglo de trabajo continuo se han realizado mejoras en la infraestructura y equipo y se ha proporcionado a los estudiantes una formación integral de excelente calidad.

Se cuenta con los acuerdos de funcionamiento otorgados por el Ministerio de Educación, siguientes:

• Acuerdo No. 15-0564 del 11 de mayo de 2006
• Acuerdo No. 3081 del 31 de mayo de 1979
• Acuerdo No. 4064 del 8 de junio de 1972